Major Sheppard je na cestě k jedné z mateřských lodí v zamaskovaném puddle jumperu naloženém atomovou bombou. Teyla se po přestřelce se skupinou Wraithů nehlásí. Plukovník Everett se zoufale brání Wraithskému vojákovi, když do něj předtím vyprázdnil celý zásobník pistole a poručík Aiden Ford se jen s malou skupinou vojáků ocitl v kleštích Wraithských pěšáků.

Poručík Ford zavelí k beznadějné obraně, což na chvíli zaskočí wraithské útočníky. Poměr sil se vyrovná a po divoké přestřelce zůstává pouze Ford, který je však zezadu napaden Wraithem, který byl zasažen jen lehce a stihl se rychle zregenerovat. Ten Forda odzbrojí a začne se jím krmit. Jeden umírající voják z posledních sil odjišťuje granát a posílá ho směrem k Wraithovi. Exploze mrští Forda i útočníka do vod oceánu kolem Atlantis.

Major Sheppard se smiřuje se svým osudem a míři do útrob wraithské mateřské lodi, aby nechal na palubě puddle jumperu explodovat atomovou bombu, když v tom se rádiem ozve hlas, který ho vyzve, aby okamžitě odmaskoval svoji loď. Senzory na základně Atlantis hlásí zničení jedné ze dvou mateřských lodí Wraithů a mezi osazenstvem zavládne smutek nad Sheppardovou obětí, když v tom se John spolu s plukovníkem Caldwellem ohlásí z nového pozemského křižníku Daedalus [Daidalos], napěchovaného asgardskými technologiemi.

Z Daedala je transportována eskorta, která přináší Atlantis vytoužené ZPM - Antický zdroj energie potřebný k napájení štítu města. Doktor Rodney McKay ho odchází zapojit a Daedalus se chystá na bitvu s poslední mateřskou lodí.

V prostřihu zjistíme, že Wraith, krmící se na plukovníku Everettovi, byl zastřelen vojákem, který se probral z bezvědomí, a opět se vracíme k Daedalovi. Ten, kryt výkonným asgardským štítem, vzdoruje přesile stíhačů a chystá se zaútočit na mateřskou loď taktickými jadernými hlavicemi Mark 8. Nedokonalé pozemské zbraně se však lodi ani nepřiblíží a jsou opakovaně sestřeleny, posádka Daedala musí vymyslet jiné řešení. S tím přichází Sheppard, když navrhuje, aby byly nálože přemístěny přímo na wraithskou loď pomocí transportní technologie. Tento postup však vyžaduje obejití bezpečtnostních protokolů, což může udělat pouze operátor strojovny, Asgard Hermiod. Ten s takovým postupem kategoricky nesouhlasí, ale je přesvědčen, že není jiné možnosti. Druhá mateřská loď Wraithů je tímto způsobem úspěšně zničena a zbývající křižníky se stahují do hyperprostoru.

Zbylé stíhačky se shlukly do podoby hrotu a po balistické křivce nalétají na Atlantis. Dr. Zelenka informuje Dr. Weirovou, že dopad takového množství stíhaček předpokládanou rychlostí nemůže Atlantis vydržet. Jedinou možností zůstává aktivace štítu - eskorta dr. McKaye byla překvapena a zneškodněna wraithskými pěšáky a Rodney proti dvěma nepřátelům nezvládne použít svoji zbraň. Na poslední chvíli je zachráněn Teylou a spolu spěchají do místnosti napájení štítu. Stíhačky se rychle přibližují. Dr. McKay na poslední chvíli aktivuje ZPM a Dr. Zelenka spouští ochranný štít města. Atlantis je zachráněna.

Plukovník Everett, po útoku Wraitha o dobrých dvacet let starší, se omlouvá Sheppardovi za své pochyby ohledně jeho akce při záchraně plukovníka Sumnera [viz. 1x01, 1x02 - Rising]. Cestou z ošetřovny Sheppard odchytí Dr. Zelenku a ptá se po poručíku Fordovi. Zelenka ho ujišťuje, že Aiden nikde ve městě není - je prý možné, že byl unesen wraithskou stíhačkou. Sheppard si vynutí rozšíření dosahu senzorů i za hranice města a ty v blízkém oceánu opravdu zachytí přítomnost těla. To je přes Daedalus přetransportováno na ošetřovnu, kde se ukáže, že se jedná o poručíka Forda a wraithského vojáka - oba strnulé v poloze při krmení. Ford přežívá. Doktor Beckett vysvětluje, že to způsobil enzym, který vypouští Wraithové do těla oběti, aby okamžitě nežemřela. Při výbuchu granátu musel být Wraith tak překvapen, že přeplnil poručíkův oběh právě tímto enzymem, který ho pak udržel na živu. Jediný problém je v tom, že ve chvíli, kdy se enzym ve Fordově těle rozloží, poručík zemře. Je třeba mu ho průběžně podávat a snižovat dávky, proto se Beckett rozhodne nějaký extrahovat z těl mrtvých Wraithů.

Doktor Zelenka mezitím zprovoznil dálkové senzory, které odhalily přítomnost dalších dvanácti mateřských lodí v hyperprostoru. Na následující poradě Sheppard navrhuje nečekat, zaskočit Wraithy na cestě a zaútočit. McKay vysvětluje, že Wraithové se blíží k Atlantis v sérii skoků a vypočítává místo poslední zastávky před Atlantis. Po krátkých dohadech je rozhodnuto na tomto místě na Wraithy počkat a zaútočit se stejnou strategií, jakou byla zničena poslední mateřská loď.

Daeadlus na stanoveném místě čeká na wraithské lodě. Když se objevují, rychle transportují dvě hlavice. V té chvíli však Wraithové aktivují protiopatření proti teleportaci na palubu jejich lodí a zbývajících deset plavidel útočí na Daedala. V přestřelce je téměř vyčerpán asgardský štít a poškozený Daedalus uniká do hyperprostoru.

Poručík Ford se zatím hlásí zpět do služby, levé oko zvláštně zakalené. Dr. Weirová se ho zdráhá nasadit zpět do aktivní služby i přes Fordovo přesvědčování, že se cítí výborně. Mezitím přichází doktor Beckett a důrazně Forda žádá, aby se vrátil do postele. Po krátké slovní přestřelce se Aiden rozčílí a vyzvedne Becketta za krk do výše. Teyla vemlouvavým hlasem Forda přesvědčuje, aby Becketta pustil a udělal, co se po něm chce, což poručík po chvíli učiní a omlouvá se. Daedalus zatím dosedá na východní molo Atlantis a wraithské lodě těsně za ním vystupují z hyperprostoru a začínají se nad městem formovat. Mezitím Ford odzbrojuje jednoho z vojáků strážících ošetřovnu a donutí doktora Becketta, aby mu vydal veškerý extrahovaný enzym, který potřebuje k přežití, a mizí v útrobách města.

Wraithské mateřské lodě zahajují soustředěnou palbu na Atlantis. Rodney odhaduje, že při takové zátěži může štít vydržet sotva pár dní. Vedení Atlantis probírá, jak z této situace. Daedalus je proti přesile nepoužitelný; zvláště když Wraithové blokují jeho transportní technologii. S nápadem přichází major Sheppard, když Zelenka prohlásí, že dokud budou Wraithové vědět, že jsou ve městě, nepřestanou útočit - navrhuje zamaskovat město pomocí technologie, kterou jsou vybaveny puddle jumpery. McKay a Zelenka probírají tuto možnost a zjišťují, že při zamaskování města bude nutné vypojit štít, budou tedy zcela nechránění. Prohlašují však plán za realizovatelný. Teyla se pomocí své schopnosti spojí s Wraithy na palubě jedné z mateřských lodí a přesvědčí je, že se chystají Atlantis zničit, což by je mělo přimět, aby zastavili palbu. Poté bude vypuštěna taktická jaderná střela nad štít Atlantis, aby přetížila Wraithské senzory. Po pár sekundách bude vypnut štít a město zamaskováno.

Do místnosti přibíhá doktor Beckett a oznamuje, že Ford utekl s enzymem. Sheppard se ho vydává hledat. Dostihuje ho u teleportační místnosti a přesvdčuje ho, aby si promluvili. Ford je však příliš zaujat svými novými nadlidskými schopnostmi, že neposlouchá a teleportuje se do hangáru s puddle jumpery. Mezitím Teyla úspěšně přesvědčuje Wraithy, že jsou lidé na Atlantis odhodláni zničit celé město a palba ustává. Vše jde podle plánu a po odpálení jaderné bomby Rodney zapíná maskování města. Ford omráčuje dr. Zelenku a bere jeho vybavení. Pomocí ovládacího panelu puddle jumperu aktivuje bránu a odlétá. V řídící místnosti zavládne nejistota, zdali Wraithové nemohli zachytit aktivaci brány, čímž by se prozradilo maskování. Nepřátelská flotila ale odlétá. Atlantis je zachráněna, nicméně Atlantis tým přišel o jednoho člena - poručíka Aidena Forda.