Tým Atlantis se Daedalem vrací ze Země, kde jeho členové museli zařídit nějaké věci. Zejména zajistit další personál pro misi Atlantis. Dozvídáme se, že novým vojenským velitelem města se má stát plukovník Caldwell - dr. Weirová ale zmíní své konexe a donutí představitele letectva k povýšení majora Shepparda do hodnosti podplukovníka, aby mohl setrvat ve své funkci. Doktor Beckett předkládá seznam mediků, které by rád získal pro Atlantis. Elizabeth je překvapena, že na seznamu není její přítel Simon, který je vynikajícím lékařem. Doktor Beckett naznačuje, že Simon o expedici nemá zájem, ačkoliv prošel bezpečnostní prověrkou. Ukáže se, že Simonovy důvody nejsou až tak nezištné. Zklamán, že Elizabeth odešla, aniž se s ním pořádně rozloučila, si našel přítelkyni. Podplukovník Sheppard navštěvuje sestřenici poručíka Forda a vysvětluje, že Aiden zmizel - nemůže však říct podrobnosti [viz. 2x01 - The Siege, Part III.]

Cestou zpět na Atlantis tedy vládne všeobecné rozčarování. Do toho je nalezen vědec, doktor Morrow - zabit elektrickým proudem při kontrole bezpečtnostních protokolů. Procházením záznamů McKay zjišťuje, že dotyčný měl chvíli předtím problém se zablokovanými dveřmi. Chvíli nato vypadl i obraz bezpečtnostní kamery. Rodney je na rozpacích z takové souhry náhod a doporučuje vystoupit z hyperprostoru a provést plnou diagnostiku palubních systémů. Caldwell, stále ještě dotčen tím, že mu bylo odepřeno velení na Atlantis, si nechce nechat poroučet na své vlastní lodi a odmítá. Dr. McKay zjišťuje, že nehody, které způsobily zamčení dveří, nefunkčnost kamery a elektrický výboj, nemají společný základ. Navíc - doktor Morrow zemřel při kontrole a izolaci poškozených programů, tedy takových, které mohou případně nést nebezpečný kód. Vyslovuje domněnku, že vědec byl zabit právě proto, že na něco přišel, a žádá o povolení zkontrolovat systémy. Plukovník Caldwell přikáže vystoupit z hyperprostoru a provést kompletní diagnostiku.

Rodney spolupracuje s Hermiodem - Asgardem, který se stará o technické záležitosti Daedala. Ten ukazuje svůj výjimečný naturel cholerického představitele vyšší rasy, když ho McKay žádá, aby hledal v systému cokoliv podezřelého. Asgard si cosi mumlá a tváří se pěkně uštěpačně, což Rodneyho neskutečně vytáčí. On a doktor Lindstroem se vydávají zkontrolovat systémy lodi. Lindstroem cosi našel, ale přesně v tu chvíli začne z potrubí nad jejich hlavami unikat nějaký horký plyn, pravděpodobně jedovatý, protože oba vědci stěží popadají dech. McKay utíká k ovládacímu panelu a Lindstroem se zavírá v přetlakové místnosti. Tou se rozezvučí alarm připravované extrakce - vypuštění do vesmíru. Lindstroem se snaží z místnosti dostat, ale východ se otevírá dřív a vědec je vržen do vesmíru. Nyní je jasné, že se nejedná o náhodná selhání systému, ale že je ve hře inteligentní prvek, který se snaží zabránit posádce v detekci škodlivého programu. Nicméně nikdo se neodvažuje hádat kdo nebo co by to mohlo být - loď je napěchována nejlepšími vědci a odborníky, mohl to být téměr kdokoliv z nich.

Mezitím Hermiod nachází sabotážní program. Zjišťuje, že se sám upravuje a vyvíjí, což ho vede k dedukci, že se nejedná o produkt lidské snaživosti, ale o vyspělou umělou inteligenci, naprogramovanou nějakou mnohem vyspělejší rasou. Rodney znejistí a pustí na aplikaci překladač wraithského zdrojového kódu. Inteligence je wraithského původu - a co hůře, přejímá kontrolu nad všemi systémy, které jsou řízeny z jádra Daedala. Hermiod se představuje jako sympaticky sarkastický chlapík v dialogu s McKayem.

McKay: "Sakra!" ['Crap!']
Hermiod: "Co jste udělal?" ['What did you do?']
McKay: "Právě jsem spustil překladač... je to wraithské." ['I just run the translation program... its wraith.']
Hermiod: "V tom případě - sakra." ['Crap - indeed.']

(Překlad poslední hlášky není přesný, v češtině to ani nejde, proto je uvedena i originální verze)

Rodney se domnívá, že virus byl navržen k dolování dat ze systémů Daedala, aby pak převzal kontrolu nad lodí a dopravil ji Wraithům. Největší nebezpečí spočívá v odhalení pozice Země; pro Wraithy zdroje nekonečné lidské úrody. Právě v té chvíli se objeví další problém - virus začal vysílat zprávu Wraithům o současné pozici Daedala. Vysílání musí být okamžitě přerušeno, avšak posádka nemá nad dotyčnými systémy kontrolu. Rodney navrhuje vypnout všechny systémy, nahrát zálohy a zapnout. To však může trvat hodinku či dvě, vysílání musí přerušit okamžitě. S opovážlivým nápadem přichází podplukovník Sheppard. Nasedá do X302ky a vydává se zničit vysílající satelit z vesmíru. To se mu bez potíží daří, avšak nedokáže změnit kurz. Entita pronikla už i do palubního počítače stíhačky. Ta zrychluje a unáší podplukovníka do prázdného vesmíru. McKay se rozhodne Shepparda transportovat za použití asgardské transportní technologie, když v tom si uvědomí, že ho nemůže zaměřit. Zařízení, které zastávalo tuto funkci, Sheppard před chvílí zničil. Pokouší se tedy zaměřit jeho radiový signál, což je však mnohem nepřesnější a Rodney se bojí, že při rychlosti stíhačky zaměří její špatnou část, což by mělo dosti nepříjemné důsledky. Podaří se a Daedalus se chystá na restart všech systémů.

Po restartu přichází zklamání. Ačkoliv se chvíli zdálo, že všechny systémy fungují, po zážehu podsvětelných motorů se virus opět zmocnil ovládání navigace a míří Daedala na kolizní kurz s blízkou hvězdou. Hermiod provádí podrobné výpočty a zjišťuje, že Daedalova dráha jen těsně míjí hvězdu. Dost daleko na to, aby byla poškozena loď - příliš blízko, aby někdo z posádky přežil. Wraithové se chtějí zmocnit dat v lodi uložených. Dr. McKay vzpomíná na simulace prováděné v SGC a vyvozuje z nich, že jediná možnost, jak mohl virus přežít, je, že se ukryl v palubních počítačích stíhaček X302. Řešením by bylo vyjmout jejich centrální jednotky [resp. pevné disky] a restartovat znovu celou loď. McKay a Sheppard se vydávají do hangáru. Virus se jim snaží zabránit v přístupu zamčením všech možných dveří a tak musí být oba do hangáru transportování. Když se zhmotní, zjistí, že mají další problém - hangárová vrata se otvírají. Zachraňuje je Hermiod, když spouští energetický štít, který zabraňuje úniku atmosféry. Neví však, jak dlouho ho bude schopen udržet. McKay a Sheppard urychleně vytahují centrální jednotky X302ek, když štít zkolabuje. Oba jsou uzavřeni v poslední stíhačce. Transportní technologie je vyřazena virem. Daedalus znovu restartuje, avšak virus po chvíli opět přebíhá vládu nad lodí. Posádka si láme hlavu s tím, kde se může skrývat. Hermiod chrlí jednu asgardskou nadávku za druhou. Sheppard si uvědomuje, že je zde stále jeden počítač, kde se virus může skrývat. Je jím počítač X302ky, kterou Sheppard zničil komunikační zařízení. Spolu s Rodneym se vydává sestřelit nepřátelský letoun. Po působivých manévrech se Sheppard dostává za virem ovládanou loď, která maximální rychlostí směřuje směrem ke hvězdě. Hladina radiace se ostře zvyšuje a palubní systémy začínají pomalu vypadávat. V poslední chvíli Sheppard stíhačku zaměří a zničí. Daedalus může klidně doletět k Atlantis.